Смотря какая микроволновка. Если в ней можно запекать, то да, естественно. Если же обычная - батон распарится, а это ему ни к чему. Получится совсем не то, что должно.
В пищевой пленке, насколько мне известно, не готовят: ею только оборачивают продукты и полуфабрикаты.